MOLEKÜLER ONKOLOJİ
Kanser; hasar gören veya mutasyona uğrayan DNA’nın onarılamadığı hücrelerde, hücrenin planlı ölümü olan apoptosis sürecinin söz konusu DNA hasarı nedeniyle gerçekleşmemesi sonucu görülen kontrolsüz çoğalma ve çevre ve/veya uzak dokulara yayılma şeklinde oluşan bir hastalıktır. Sayıları kontrolsüzce artan bu hücreler kitleler haline gelerek tümör denen dokuyu oluşturmaktadır.
DNA hasarından ya da mutasyonundan ileri gelmesi sebebiyle kanser genetik bir hastalıktır. Ancak hücrelerdeki kontrolsüz çoğalma sonucu oluşan kitleler diğer doku ve organları istila etmiyorsa bu durumda kitle “iyi huylu tümör” olarak adlandırılır. Kanser yani “kötü huylu tümör”lerde ise sağlıklı çevre dokulara sızma ve başka bir doku veya organa sıçrama görülmektedir.
Kanser hastalığını ortaya çıkaran faktörler kalıtımsal faktörler ve çevresel faktörler olarak iki grupta ele alınmaktadır. Genetik bir değişiklik kanser için gerekli bir bileşendir ve bu genetik değişiklikler çoğunlukla çevresel faktör etkileriyle oluşmaktadır. Genomik Tümör Konseyi (GTC) web sitesinde de belirtildiği üzere az sayıda vakada da (yaklaşık % 10) anne ya da babadan kalıtılmaktadır.
Kanser tanısı için tarama testleri, kesin tanı testleri, tümör profilleme testleri, likit biyopsi, kalıtsal kanser testleri kullanılmaktadır.
Son on yılda, moleküler düzeyde giderek daha kesin bir kanser anlayışına yönelik muazzam ilerlemeler kaydedilmiştir. Bu ilerlemelerden elde edilen bilgiler, giderek daha güvenilir tanı ve prognostik biyobelirteçlere ve çok çeşitli yeni tedavi araçlarına dönüştürülmektedir.
Geçtiğimiz yirmi yıl içinde, kanserin patogenezini anlayabilmemiz muazzam bir şekilde iyileştirilerek, tümör oluşumunun, hücrelerin malignitelerinin altında yatan ortak bir dizi özellik kazanmasını sağladığı karmaşık, çok adımlı bir süreç olduğu sonucuna varılmıştır. Bu özelliklerin çoğu, onkogenlerin kazanımını, amplifikasyonunu veya aşırı ekspresyonunu ve/veya onkosupresör genlerin fonksiyon kaybı, silinmesi veya susturulması hakkında ortaya çıkabilecek genetik veya epigenetik olaylarla açıklanabilmektedir.
Somatik olarak genetik değişikliklerin tanımlanması amacıyla tümör elde etmek için günümüzde Doku Biyopsi ve Likit Biyopsi yöntemleri kullanılırken, Kalıtsal Kanser Türleri için ise EDTA-Kan örneği alınmaktadır.
Kanser tedavi sürecinde ise; cerrahi müdahale, kemoterapi ve radyoterapinin yanı sıra genetik ve genomik testler sonucu belirlenebilen “hedefe yönelik tedaviler” ve hastanın bağışıklık sistemini güçlendirmeyi amaçlayan “immünoterapi”gibi yeni nesil tedaviler kullanılmaktadır.
Kanser tedavisinde kullanılacak yöntem belirlenirken, nadir ve ileri vakalarda büyük kurumlar bünyesinde farklı tıbbi disiplinlerden hekimlerden oluşan Tümör Konseyleri toplanırken, güncel bilimsel gelişmeler ışığında Kanserde Hassas Tıp (Precision Medicine) konusunun da önemi giderek artmaktadır.
Kanserde Hassas Tıp, tedaviyi kanser türüne göre değil, bireyin sahip olduğu genetik ve maruz kaldığı çevresel faktörleri dikkate alarak oluşturmayı hedeflemektedir. Bu şekilde kişiye özel tedavi prensibi benimsenirken bir yandan da tedavinin yan etkileri azaltılabilmektedir.
DOKU BİYOPSİ
Kansere ait mutasyon bilgilerine, tümör dokusundan girişimsel (invaziv) yöntemlerle elde edilen doku biyopsilerle ulaşılmaktadır. Kanserli kütleler veya topaklar gibi spesifik bir anomali teşhisi amacıyla biyolojik dokuyu çıkarmak için kullanılan standart tıbbi cihazlar biyopsi iğneleridir.
Doku Biyopsi ile elde edilen örneklerde genetik analizler için moleküler genetik yöntemler ve FISH kullanılmaktadır.
TEST ADI | ANALİZ BÖLGESİ | SONUÇ SÜRESİ |
---|---|---|
Nesiller Tissue - 15 gen | AKT1, BRAF, EGFR, ERBB2, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET, TP53 | 20 gün |
Nesiller Tissue-15 gen+Cyto-histological | AKT1, BRAF, EGFR, ERBB2, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET, TP53 | 20 gün |
Nesiller Tissue - 23 gen | AKT1, ALK, AR, BRAF, CTNNB, EGFR, ERBB2, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, SMAD4, TP53 | 20 gün |
Nesiller Tissue-23 gen +Cyto-histological | AKT1, ALK, AR, BRAF, CTNNB, EGFR, ERBB2, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, SMAD4, TP53 | 20 gün |
Nesiller Tissue - 50 gen | AKT1, ALK, APC, AR, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A,HRAS, IDH1, KDR, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL | 20 gün |
Nesiller Tissue-50 gen +Cyto-histological | AKT1, ALK, APC, AR, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A,HRAS, IDH1, KDR, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL | 20 gün |
IMMUNOTERAPİ TEST | PD-L1 | 10 Gün |
IMMUNOTERAPİ TEST | MSI | 10 Gün |
COBAS DOKU | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15 | 10 Gün |
COBAS DOKU | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15- 24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
COBAS DOKU | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 | 10 Gün |
COBAS DOKU | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21-24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
COBAS DOKU | KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61 | 10 Gün |
COBAS DOKU | KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61- 24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
COBAS DOKU | NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146 | 10 Gün |
COBAS DOKU | NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146-24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ BÜYÜK PANEL | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15 EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61 NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146 ALK ROS-1 PD-L1 MSI | 10 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ BÜYÜK PANEL-HIZLI TANI-24 SAAT | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15 EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61 NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146 ALK ROS-1 PD-L1 MSI | 1 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ KÜÇÜK PANEL | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 ALK ROS-1 PD-L1 | 10 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ KÜÇÜK PANEL-HIZLI TANI-24 SAAT | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 ALK ROS-1 PD-L1 | 1 Gün |
NESİLLER DOKU FISH | EML4/ALK | 5 Gün |
NESİLLER DOKU FISH | 1p36&19q13 | |
NESİLLER DOKU FISH | 15q26 (IGF1R) | |
NESİLLER DOKU FISH | 20q13 (AURKA) | |
NESİLLER DOKU FISH | 8q24 (C-myc) [t(2;8), t(8;22), t(8;14)] | |
NESİLLER DOKU FISH | C-MET (7q31.2) | |
NESİLLER DOKU FISH | EGFR (7p12) | |
NESİLLER DOKU FISH | Her2/neu (17q11.2-12) | |
NESİLLER DOKU FISH | N-MYC (2p24.3) | |
NESİLLER DOKU FISH | t(?;22q12) (EWSR1) t(11;22), t(21;22), t(7;22), t(12;22) | |
NESİLLER DOKU FISH | Top2A (17q21-22) | |
NESİLLER DOKU FISH | ROS1 (6q22.1) |
LİKİT BİYOPSİ
Kanda serbest dolaşan, hücre dışında bulunan tümör DNA’da (circulating cell-free tumor DNA: ctDNA) somatik mutasyonlarının saptanması için kullanılan bir yöntemdir. Likit Biyopsi ile elde edilen örneklerde genetik analizler için moleküler genetik yöntemler kullanılmaktadır. Hasta kanından izole edilmiş cell-free DNA’yı analiz ederek ctDNA’da klinik ile ilişkili genomik değişiklikler tanımlanarak, bu değişiklikler hedeflenmiş tedaviler ve klinik denemeler ile eşleştiirlmektedir.
LİKİT BİYOPSİ UYGULAMALARI
Likit Biyopsi testleri tanı ve tarama amaçlı kullanılabilir.
1) Kanser Tanısı konmuş hastalar için;
a) Kanser Tedavisi Gören hastalar,
- Tümör profiline göre ilaç belirleme,
- Tedavi başarısı ve direnci gözlemleme,
- Hastalık gelişimi ve tümör yayılımını,
- Klinik deneme eşleşmesi,
b) Kanser Tedavi süreci biten hastalar,
- Rezidüel hastalık takibi,
- Hastalık yineleme takibi,
- Doktorun, hastanın tedaviye direnç değerlendirme göstermesi durumunda yeni tedavi seçeneklerini değerlendirebilmesi.
2. Tarama amaçlı yapılan Likit Biyopsi
a) Kanser şüphesi olan hastalar
- Kanser oluşturabileceği bilinen genlerde somatik mutasyonların belirlenmesi.
- Hastalık şüphesinin doğrulanması
b) Kanser tanısı yok ancak yüksek risk grubuna girenler için;
- Kanser oluşturabileceği bilinen genlerde somatik mutasyonların belirlenmesi.
- Hastalık erken teşhisi
YÜKSEK RİSKLİ POPÜLASYON ÖRNEKLERİ:
- Ailede kanser öyküsü,
- Uzun süreli UV ve radyasyon ışınlarına maruz kalanlar,
- Sigara kullanımı,
- Hormon kullanım öyküsü,
- Kanserojen maddelere maruz kalma.
NESİLLER GENETİK LİKİT BİYOPSİ TESTLERİMİZ
TEST ADI | ANALİZ BÖLGESİ | SONUÇ SÜRESİ |
---|---|---|
NESİLLER LIQUIDTM Monitor-15 Gen | AKT1, BRAF, EGFR, ERBB2, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Monitor-23 Gen | AKT1, ALK, AR, BRAF, CTNNB, EGFR, ERBB2, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, SMAD4, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Monitor-50 Gen | AKT1, ALK, APC, AR, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A,HRAS, IDH1, KDR, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Monitor-BREAST | AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Monitor-LUNG | ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Monitor-COLON | AKT1, APC, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Scan-15 Gen | AKT1, BRAF, EGFR, ERBB2, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RET, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Scan-23 Gen | AKT1, ALK, AR, BRAF, CTNNB, EGFR, ERBB2, ESR1, FOXL2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, SMAD4, TP53 | 20 gün |
NESİLLER LIQUIDTM Scan-50 Gen | AKT1, ALK, APC, AR, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A,HRAS, IDH1, KDR, KIT, KRAS, MEK1 (MAP2K1), MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL | 20 gün |
COBAS LİKİT | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15 | 10 Gün |
COBAS LİKİT | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15- 24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
COBAS LİKİT | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 | 10 Gün |
COBAS LİKİT | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21-24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
COBAS LİKİT | KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61 | 10 Gün |
COBAS LİKİT | KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61- 24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
COBAS LİKİT | NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146 | 10 Gün |
COBAS LİKİT | NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146-24 saat içinde Hızlı Tanı | 1 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ BÜYÜK PANEL LİKİT | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15 EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61 NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146 ALK ROS-1 PD-L1 MSI | 10 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ BÜYÜK PANEL LİKİT-HIZLI TANI-24 SAAT | BRAF DNA analizi – ekzon 11 ve 15 EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 KRAS mutasyon analizi - kodon 12&13,61 NRAS mutasyon Analizi Kodon 12&13, 61, 146 ALK ROS-1 PD-L1 MSI | 1 Gün |
NESİLLER AKCİĞER KANSERİ KÜÇÜK PANEL LİKİT | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 ALK ROS-1 PD-L1 | 10 Gün |
NESİLLER GENETİK LİKİT BİYOPSİ TESTLERİMİZ | EGFR DNA analizi - ekzon 18, 19, 20, 21 ALK ROS-1 PD-L1 | 1 Gün |
KALITSAL KANSER GENETİĞİ
Kalıtsal olarak geçen kanserler, ailesel tiroid kanserleri, ailesel meme kanserleri, ailesel kolon kanserleri olarak sayılabilir. Son yıllardaki gelişmeler, hem kanser tanısı koyulmasına hem de tedavinin bireyselleşmesine katkıda bulunmuştur.
Bu alanda merkezimizde moleküler analizler ve FISH analizleri kullanılmaktadır.
TEST ADI | ANALİZ BÖLGESİ | SONUÇ SÜRESİ |
---|---|---|
Nesiller RISK - Breast | ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, MRE11A, MUTYH, NBN, NF1, PALB2, PTEN, RAD50, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53 | 20 gün |
Nesiller RISK - Ovarian | BRCA1, BRCA2, BRIP1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53 | 20 gün |
Nesiller RISK - Colon | APC, BMPR1A, CDH1, CHEK2, EPCAM, GREM1, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS2, POLD1, PTEN, SMAD4, STK11, TP53 | 20 gün |
Nesiller RISK - Cerebral | AIP, ALK, APC, CDKN1B, CDKN2A, DICER1, MEN1, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, NF1, NF2, PHOX2B, PMS2, PRKAR1A, PTCH1, PTEN, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SUFU, TP53, TSC1, TSC2, VHL | 20 gün |
Nesiller RISK - Prostate | ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, EPCAM, HOXB13, MLH1, MSH2, MSH6, NBN, PALB2, PMS2, RAD51D, TP53 | 20 gün |
Nesiller RISK - Melanoma | BAP1, BRCA2, CDK4, CDKN2A, MITF, PTEN, RB1, TP53 | 20 gün |
Nesiller RISK - Renal | BAP1, EPCAM, FH, FLCN, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, PTEN, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, TP53, TSC1, TSC2, VHL. | 20 gün |
Nesiller RISK - Gastric | APC, BMPR1A, CDH1, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, STK11, SMAD4, TP53 | 20 gün |
Nesiller RISK -Feocromocitoma | FH, MAX, MEN1, NF1, RET, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, TMEM127, VHL. | 20 gün |
Nesiller RISK - Pancreas | APC, ATM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, STK11, TP53 | 20 gün |
Nesiller Oncoscreening Complete | AIP, ALK, APC, ATM, BAP1, BARD1, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BMPR1A, BUB1B, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, DICER1, EGFR, EPCAM, EXT1, EXT2, FH, FLCN, GALNT12, GATA2, GPC3, GREM1, HNF1A, HOXB13, HRAS, KIT, MAX, MEN1, MET, MITF, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NSD1, PALB2, PHOX2B, PMS1, PMS2, POLD1, PRF1, PRKAR1A, PTCH1, PTEN, RAD50, RAD51C, RAF51D, RB1, RET, RHBDF2, RUNX1, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, STK11, SUFU, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, VHL, WT1 | 20 gün |
NESİLLER RISK | APC Gen Mutasyon Analizi (Ailesel Adenomatöz Polipozis - FAP) | 20 gün |
NESİLLER RISK | BRCA1 Gen Sekans analizi (predispozisyon, meme tümörü / over) | 20 gün |
NESİLLER RISK | BRCA2 Gen Sekans analizi (predispozisyon, meme tümörü / over) | 20 gün |
NESİLLER RISK | BRCA1 + BRCA2 Sekans analizi (meme tümörü / over) | 20 gün |
NESİLLER RISK | MLPA ile BRCA1 analizi | 20 gün |
NESİLLER RISK | MLPA ile BRCA2 analizi | 20 gün |
NESİLLER RISK | MLPA ile BRCA1 ve BRCA2 analizi | 20 gün |
NESİLLER RISK | MEN1 Genin sekans analizi (tip 1'in çoklu endokrin neoplazisi) | 20 gün |
NESİLLER RISK | MLH1 Gen dizisi analizi (Kolon kanserine yatkınlık) | 20 gün |
NESİLLER RISK | MSH2 Gen dizisi analizi (Kolon kanserine yatkınlık) | 20 gün |
NESİLLER RISK | P16 Genin Dizi analizi (kalıtsal melanom) | 20 gün |
NESİLLER RISK | p53 Gen dizisi analizi | 20 gün |
NESİLLER RISK | RET Proto onkojeni Gen dizisi analizi (medüller tiroid karsinomu) | 20 gün |
NESİLLER RISK | CHEK2 DNA analizi - ekzon 9 ve 10, Meme Kanseri, Li-Fraumeni Sendromu Tip II | 20 gün |