Il nostro obiettivo è ottenere le informazioni più accurate che sappiamo influire in modo fondamentale sulla vita degli individui e fornire ai medici la consulenza più affidabile per le loro decisioni.
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È la sezione che esamina il numero e la struttura dei cromosomi, che contengono le molecole che trasportano le informazioni ereditarie, cioè le strutture fisiche portanti dei nostri geni. Nelle analisi qui effettuate, i cromosomi da esaminare sono ottenuti da cellule divisibili come sangue, pelle, cellule amniotiche e alcuni tessuti come midollo osseo, villi coriali e testicoli.
La citogenetica convenzionale è ancora considerata il “gold standard” nella diagnosi prenatale e postnatale perché fornisce informazioni su tutte le anomalie rilevabili al microscopio sull’intero genoma.
Vengono studiate la determinazione delle mutazioni e/o dei genotipi che portano a una malattia ereditaria, l’analisi dei portatori di una malattia genetica e l’analisi della suscettibilità a malattie multifattoriali, malattie a singolo gene (come la talassemia, la FMF).
Tecniche utilizzate in questa sezione;
La PCR in tempo reale è una tecnica per rilevare e quantificare il DNA mutante in tempo reale utilizzando coloranti fluorescenti. Il segnale di fluorescenza aumenta in modo direttamente proporzionale alla quantità di prodotto di PCR. Il sistema LightCycler® 480 Instrument II è disponibile nel nostro laboratorio.
L’MLPA è una tecnica di PCR multipla facile da usare per rilevare le variazioni del numero di copie di oltre 50 regioni in una sequenza di DNA o RNA genomico, in grado di distinguere anche una singola variazione nucleotidica.
Sequenziamento Sanger Scoperto nel 1977 e considerato a lungo il gold standard, questo metodo si basa sulla terminazione classica della catena utilizzando ddNTP. Nel nostro laboratorio viene utilizzato il dispositivo di sequenziamento ABI 3500 con 8 capillari.
a) PCR primaria
b) Reazione di sequenziamento
c) Elettroforesi capillare e valutazione computerizzata
Sequenziamento di nuova generazione (NGS): L’NGS è un metodo di sequenziamento ad alta profondità basato sul sequenziamento simultaneo di milioni di frammenti di DNA o RNA da un campione. Nel nostro laboratorio sono disponibili il sistema di sequenziamento Ion Genestudio S5 e le piattaforme Illumina MiSeq e NextSeq.
I metodi citogenetici e molecolari vengono utilizzati insieme. L’obiettivo è valutare il numero e l’organizzazione dei cromosomi e la presenza/assenza di sequenze di DNA.
In questa sezione vengono utilizzate tecniche come la FISH e l’Array-CGH;
La FISH è un metodo che utilizza “sonde” progettate per legarsi a determinate regioni dei cromosomi ed emettere radiazioni quando sono legate. Comprende le fasi di legame con la regione bersaglio e l’analisi delle radiazioni prodotte dal legame attraverso filtri appropriati nel microscopio. L’aneuploidia negli individui e negli embrioni viene riconosciuta mediante l’analisi FISH in molti campioni, come sangue, liquido amniotico, embrioni e materiale abortivo, e questo metodo viene applicato anche nel cancro e nelle malattie ematologiche.
Array-CGH (cariotipizzazione molecolare) L’A-CGH è una tecnica, nota anche come cariotipizzazione molecolare, in grado di rilevare irregolarità genomiche a livello del DNA e sull’intero genoma. Questo metodo ha il vantaggio di poter rilevare variazioni del numero di copie comprese tra 50-100Kb, di non richiedere la piastra di metafase e di avere una piccola quantità di campione di DNA sufficiente per lo studio. La piattaforma microarray Agilent è disponibile nel nostro laboratorio.
